选择合适的尺度
全原子：AMBER ff19SB 主链与天然侧链，GAFF2 非天然片段。粗粒化：Martini 3 标准主链，天然肽使用 martinize2，非天然肽结合 AutoCG。
SMILES / SMI 输入完整共价分子，MOL2 提供完整显式键图，PDB 保留原始构象。文件需要符合各项目的化学结构限制。
ALL-ATOM MOLECULAR WORKFLOW
从分子结构，
到可计算的体系。
构建聚氨基酸的全原子模拟输入。上传结构，完成参数化，
将完整计算体系带回你的本机。
STRUCTURE → SYSTEM
01输入分子结构SMILES / PDB / MOL2
→02生成计算体系拓扑 · 力场 · 溶剂化
→03下载至本机计算完整文件包 + 运行脚本
服务器只准备输入文件
MD 在你的计算机运行
MD 在你的计算机运行
01 / INPUT
ALL-ATOM定义你的分子
POLYFOLD / SCIENTIFIC AGENT让结构与证据，
让结构与证据，
进入同一段对话。
检索二级结构知识、预测聚合物构象，或探索受约束的分子设计。
✳
每个结论，都应有来源。
提交问题后，在这里查看回答、证据和适用范围。
演示输出 / DEMONSTRATION
查看结构化结果与证据
RESEARCH / JOBS & FILES每一次准备，
每一次准备，
都有迹可循。
在当前浏览器中提交的任务会保存在这里。任务在服务器后台执行。
JOB DETAIL
任务日志 每 3 秒更新
下载文件清单
LAB NOTES / GETTING STARTED
从网页到本机。
同一套结构，清楚的准备边界与可追溯的文件。
得到完整输入包
设置初态与本机计划时长后提交。服务器执行构象准备、拓扑参数化和溶剂化，完成后可下载 ZIP。失败时查看日志中的具体结构或依赖错误。
网页参数准备包括电荷拟合等计算；不会执行体系 EM、NVT、NPT 或生产 MD。
解压后启动计算
安装 GROMACS。全原子 runner 还需要包中 environment.yml 描述的 Python 环境。保持解压目录完整。
bash run_local.sh --check bash run_local.sh
先检查力场、净电荷、MDP 与初始坐标；正式研究需独立验证参数及采样。
接入域名与 HTTPS
本地服务使用 8787 端口。项目 deploy/ 提供 Caddy HTTPS、systemd 常驻服务和 Cloudflare Tunnel 配置示例。
访问域名即可提交任务、查看进度和下载计算输入文件。